Основные сведения о материальной сущности болезней патологическая анатомия черпает главным образом при вскрытии умерших от различных недугов или при изучении органов животных, у которых экспериментально вызывались те или иные патологические изменения. Как в первом, так и во втором случае исследованию подвергаются ткани погибших людей или умерщвленных животных.

Смерть насильственная возникает в результате каких-либо насильственных действий, умышленных и неумышленных. Сюда относится смерть людей от различных травм, несчастных случаев (например, транспортных катастроф), умышленных убийств и самоубийств, отравлений.

Смерть клиническая характеризуется остановкой дыхания и кровообращения. Однако организм переходит в состояние минимальной жизнедеятельности, что позволяет говорить об относительной смерти, продолжительность которой может быть не более 5—6 минут.

Смерть биологическая — необратимое прекращение жизнедеятельности организма   и остановка всех физиологических процессов.
Однако биологическая смерть еще не означает одновременного отмирания всех составных частей организма. Смерть — это прежде всего гибель главного органа, координирующего все функции организма, — головного мозга и других элементов нервной системы.

Трупное окоченение (rigor mortis) — очень яркий признак смерти, который выражается в уплотнении произвольных и непроизвольных мышц. Оно начинается обычно через 3—5 часов после смерти и охватывает все мышцы к концу первых суток.

Помутнение и высыхание роговицы являются следствием испарения влаги с поверхности трупа. Раньше всего высыханию подвергаются глазные яблоки и слизистые оболочки. С этим связано появление на склере при открытой глазной щели сухих, буроватых, треугольной формы пятен,  обращенных вершинами к углам глаза.

Трупное разложение наступает в связи с процессами аутолиза и гниения трупа. Посмертный аутолиз раньше возникает и интенсивнее протекает в железистых органах, клетки которых богаты гидролитическими ферментами (например, в поджелудочной железе, печени и т. д.).

Дистрофия (от греч.. dys — нарушение и trophe — питание) — сложный патологический процесс, возникающий в тканях в связи с нарушением обмена веществ. Он характеризуется накоплением в тканях продуктов обмена (белков, жиров, углеводов, солей, воды), измененных как количественно, так и качественно в результате нарушения ферментативных процессов.

Сущность клеточных диспротеинозов состоит в том, что белок клетки физико-химически и морфологически принимает иной вид, чем в норме, денатурируется или же разжижается избыточным количеством клеточной воды.

Внешний вид органа при зернистой дистрофии весьма характерен. Орган увеличен в объеме, дрябловатой консистенции, на разрезе ткань выбухает за пределы соединительнотканной капсулы; она лишена обычного блеска, тусклая, мутная. На основании этих признаков зернистую дистрофию определяют так же, как тусклое или мутное набухание.

Накопление гранул белка в клетке в патологических  условиях также может быть связано со многими процессами.